## domingo, 26 de junio de 2016

### nichEvolve, a niche evolution model with NetLogo

During the last year I was reading some articles about niche conservatism/evolution. There are a lot of theories and methodologies to deal with this kind of questions, but sometimes it's hard to understand all this mathematical and theoretical concepts about models of evolution: Brownian motion models, Ornstein-Uhlenbeck processes, etc. Following KISS philosophy (Keep It Simple, Stupid!) I wrote some code using the wonderful tool NetLogo to develop a very simple model that helps to understand some simple processes related with ecological traits evolution...

The model implements two usual processes used to describe the evolution of trait values: Brownian motion and Ornstein-Uhlenbeck. While Brownian motion process represents random evolution of a trait value, depending only on Brownian rate (amount of change allowed per time), Ornstein-Uhlenbeck process means directional evolution towards an optimum with a specific selection strength. In the model you can explore diverse combinations of each parameter and observe the results also in a spatial explicit display with mobile agents that track environmental conditions trying to match their theoretical requirements.

Code will be uploaded soon, so you could modify it and report any suggestion or bug.

Cheers!

#### 2 comentarios:

1. Se podria probar con especies invasoras?

2. Hola Ricardo!
Gracias por tu comentario. En principio, nichEvolve es un modelo teórico pensado para entender cómo podría evolucionar la "apetencia" de una especie por un determinado factor ecológico (idoneidad de nicho). ¿A qué te refieres con probarlo con especies invasoras? ¿Intentar predecir como podría evolucionar la idoneidad de nicho tras un cambio de distribución de la especie? Para especies invasoras se suele asumir que su capacidad de invasión se debe a que el nicho fundamental (según Hutchinson) es mayor que el nicho realizado, es decir, que la especie es capaz de ocupar un nicho ecológico más amplio, pero debido a diferentes barreras (geogáficas, dispersivas, etc.) no se la encuentra en otras regiones. Cuando estas barreras se eliminan debido, por ejemplo, a una introducción, la especie puede "expandir" su nicho realizado, aunque su nicho fundamental siga siendo el mismo... Por lo que no se trataría en este caso de una evolución del nicho. Por supuesto, con NetLogo se pueden adaptar los modelos a las preguntas de cada uno! Si te interesa la metodología, te dejo un enlace a un curso sobre la utilización de la herramienta, abrazos

http://www.cs.us.es/~fsancho/NLC/